V Bruneji panuje rovníkové klima typické vysokými teplotami a výraznými srážkami. Teploty se zde během roku pohybují mezi 23 °C až 32 °C. Průměrné srážkové úhrny zde představují u pobřeží 2 500 mm a ve vnitrozemí až 7 500 mm. Prší zde totiž celoročně. Největší srážky se vyskytují v období dešťů, které trvá zhruba od listopadu do dubna. V této době bývají časté také monzuny. Vhodnou dobou k návštěvě je tak jaro nebo podzim, kdy již skončilo nebo ještě nezačalo období dešťů a není tak výrazné horko.