Estonsko je bezpečnou zemí Evropy, která není spojena s žádným povinným očkováním. Většina cestovatelů se při cestě do Estonska neočkuje. Pokud budete chtít být důslední, máte možnost vsadit na obecně doporučovaná očkování, mezi která patří například očkování proti tetanu, žloutence typu A a žloutence typu B.
V Estonsku se nesetkáte s žádnými neobvyklými zdravotními riziky. Situace v zemi je stejná, jako u nás v České republice, takže ničeho atypického se rozhodně obávat nemusíte.
Kohoutková voda je v po celém území Estonska pitná.