Před cestou na Filipíny se nemusíte proti žádné chorobě očkovat povinně. Je ale doporučené zajistit si běžná cestovatelská očkování, což je očkování proti žloutenkám typu A a B a proti břišnímu tyfu. Očkování proti žloutenkám se dávkuje a mezi dávkami bývá pár měsíců rozestup. Je proto lepší myslet na něj předem. Očkování proti břišnímu tyfu je pouze jedna injekce. Pokud byste přijeli ze země, kde se vyskytuje žlutá zimnice, je nutné být na ni očkován. Kdybyste jeli na Filipíny na delší dobu a pobývali v odlehlých nebo vlhkých oblastech, je doporučené očkovat také proti japonské B encefalitidě nebo proti vzteklině.
V celé zemi hrozí nakažení malárií. Nemoc se přenáší štípnutím komára, proto je nutnou prevencí používání repelentu. Zda se máte na cestu vybavit antimalariky, je nejlepší konzultovat před cestou s cestovním lékařem, který vám poradí, jestli je ve vaší lokalitě potřebujete nebo ne. Ve vysokých nadmořských výškách například už malárii nedostanete. Komáři také mohou přenášet horečku dengue. Nejlepší ochranou je znovu užívání repelentu.
Před cestou na Filipíny je vždy nutné uzavřít cestovní pojištění. Je dobré dbát na jeho kvalitu. Pokud by se stal závažnější úraz, bývá potřeba transport do Manily, a proto je doporučeno zkontrolovat, zda cestovní pojištění hradí i takové transfery. Zdravotnictví je jinak na Filipínách na dobré úrovni, jen je drahé.
Voda na Filipínách není pitná. Je potřeba kupovat vodu balenou a pít tu. V nouzi je možné vodu alespoň převařit.