Před cestou do Guatemaly nejsou žádná očkování povinná pro všechny turisty. Nicméně platí jedna výjimka. Pokud přilétáte do Guatemaly ze země, která je místem výskytu žluté zimnice, je nutné se proti této nemoci nechat před cestou očkovat. To platí i pro transfery. Pokud se tedy při letu do Guatemaly budete stavovat v zemích subsaharské Afriky nebo Latinské Ameriky, kde se žlutá zimnice vyskytuje, musíte s tímto očkování odlétat. Další očkování jsou pouze doporučena. Tedy očkování proti žloutenkám typu A a B, břišnímu tyfu a tetanu. Proti žloutenkám je možné se nechat očkovat samostatně, nebo poprosit o jednu kombinovanou vakcínu, která chrání proti oběma nemocem. Všechny tyto vakcíny se přeočkovávají a mezi dávkami je třeba odstup alespoň 6 měsíců. Toto očkování je tedy třeba promyslet více dopředu. Proti břišnímu tyfu stačí jedna vakcína, která chrání cestovatele po 3 roky. Očkování proti tetanu je v České republice běžné. Je tedy třeba jen překontrolovat, zda jste aktuálně přeočkovaní. To bude nejlépe vědět váš praktický lékař.
Nemoc, která by nás mohla v Guatemale překvapit, je malárie. Největší nebezpečí nákazy je v bažinatých oblastech na severu, kde se vyskytuje více komárů. Většinou jako dostatečná prevence funguje používání repelentu a běžná obezřetnost. O případném vybavení se antimalariky je vždy vhodné se poradit s cestovním lékařem. Další obtíže, které mohou cestovatele celkem běžně potkat, jsou zažívací problémy způsobené jiným hygienickým standardem. Před cestou do Guatemaly doporučujeme uzavřít zdravotní pojištění. Zdravotní péče je zde na dobré úrovni, nicméně není levnou záležitostí. S cestovním pojištěním je možné případné nepříjemnosti zvládnout lépe. Pokud je třeba ošetření ve zdravotnickém zařízení, poplatek za zdravotnickou práci je třeba zaplatit v hotovosti, pojišťovna ji pak nahradí po návratu a doložení výdajů. Při potřebě první pomoci je nejlepší obrátit se na guatemalský Turistický institut.
Pro pití se zde doporučuje pouze balená voda. Voda tekoucí z kohoutku nebývá pitná, nebo by se s ní náš organismus, zvyklý na evropskou vodu, špatně popasoval.