Velký vliv na podnebí v zemi má pohoří nacházející se v Hondurasu. Podle toho, kde se pohybujete bude ovlivněno celkové počasí. Nížiny jsou hodně teplé a vlhké. Naopak v horách bude docházet ke snižování teplot a k přibývá dešťových přehánět. Celoroční průměrné teploty v Hondurasu se pohybují kolem 27 °C až 29 °C. Jediné období, ve kterém byste si měli dávat pozor je červen až listopad. Právě tehdy dochází k občasným hurikánům, jež mohou být nebezpečné.