Žádné povinné očkování do Indonésie nepotřebujete. Využít můžete pouze doporučená očkování, která se hodí především v rámci dlouhodobějšího pobytu na ostrovech. Je to očkování proti žloutence typu A, žloutence typu B, břišnímu tyfu, tetanu a japonské encefalitidě.
Pokud se budete pohybovat mimo velká města a vydáte se do ryzí přírody v podobě deštných pralesů, důkladně se chraňte před komáry, jež jsou přenašeči nejrůznějších nemocí. Je to například horečka dengue a malárie. Proto v noci využívejte moskytiéry a přes den dejte přednost kvalitním a účinným repelentům.
Pozor si dejte také na to, že Indonésie je exotickou destinací a některé ostrovy mohou být okupovány jedovatými tvory, jako jsou například hadi a stonožky. Vždy se vyplatí dbát rad a doporučení místních lidí, popřípadě vsaďte na služby průvodce a o plánované lokalitě se vždy dobře informujte.
Voda z vodovodu v Indonésii rozhodně není pitná a neměli byste ji konzumovat ani ve formě ledu v pití. Vždy se spoléhejte pouze na balenou vodu, která je k dostání na každém kroku. Vyhnete se tak spoustě nepříjemností a střevním problémům.