Japonsko nemá žádné povinné očkování, takže při vstupu do země vás v tomto směru nebude nikdo kontrolovat. V závislosti na tom, do jaké oblasti Japonska se chystáte můžete uvažovat nad doporučeným očkováním. Zmínit lze například tetanus a spalničky, u nichž si zkontrolujte platnost očkování. Přínosná je také klíšťová encefalitida a žloutenka typu B.
Obezřetnější by měli být především náruživí dobrodruzi navštěvující odlehlejší části Japonska. Tam sice čeká nezapomenutelná příroda, ale může být vykoupena japonskou encefalitidou. Takže i proti ní můžete volit efektivní očkování. Toto riziko je však spojeno spíše s dlouhodobějšími dešti.
Na většině míst platí, že kohoutková voda je nezávadná, a tudíž i pitná. Tuto informaci si však raději předem ověřte, protože jsou samozřejmě oblasti, kde tomu tak úplně není. Pak je alternativou balená voda.