Cesta do Jižního Súdánu bude spojena s jediným povinným očkováním. Jak už to tradičně bývá v některých afrických zemích, je to očkování proti žluté zimnici. Všechna ostatní očkování jsou pouze dobrovolná. Rozhodně byste je však neměli podceňovat, a to především kvůli tamní hygieně a častým onemocněním.
Mezi doporučovaná očkování patří to proti žloutence typu A, žloutence typu B, břišnímu tyfu, tetanu a choleře.
Obecně dbejte na to, aby se vám v Jižním Súdánu nic nestalo, protože lékařská péče v zemi není na dostatečné úrovni. Složitější zdravotnické procesy jsou realizovány v Nairobi a na podobných místech. To znamená, že je nutný poměrně obtížný přesun.
Připravte se také na to, že v celém Jižním Súdánu existuje riziko nákazy nebezpečnou malárií. Proto dbejte na používání účinných repelentů a v noci se zahalte do moskytiéry. Tímto se budete bránit před komáry, jež jsou hlavními přenašeči malárie. Využít lze i vhodná antimalarika.
Konzumaci kohoutkové vody se rozhodně vyhýbejte. Je závadná a není pitná. Země obecně bojuje s nedostatkem pitné vody, kterou se snaží získávat i z vody dešťové. Nejjistější je pití balené vody, v rámci níž se nemusíte obávat žádných žaludečních a střevních onemocnění.