Jižní Súdán se nachází v oblasti afrického kontinentu, kde převládá hlavně tropické podnebí. Průměrné teploty na severu země šplhají k hranicím 35 °C až 40 °C. Na jihu je to spíše mezi 20 °C až 25 °C. Ve vyšší nadmořské výšce to může být i pod teplotou 20 °C. V zemi se velice často mění suché podnebí s tím vlhkým, během něhož spadne 500 až 1 000 milimetrů dešťových srážek. Toto období nastává především od dubna do prosince. Zbytek roku je pak převážně suchý. Ve vyšší nadmořské výšce je třeba počítat se silnějším úhrnem až 1 500 milimetrů dešťových srážek.