Při návštěvě Komor je očkování velmi důležité. Základem je očkování proti hepatitidě typu A i B. Zároveň, pokud plánujete pobyt v mimoměstských oblastech, je lepší i očkování proti břišnímu tyfu. Pokud jste proti nim nebyli očkováni v dětství, je třeba se nechat proočkovat i proti tetanu, záškrtu a spalničkám. Exotické choroby jsou na těchto ostrovech také přítomné, takže plánujete-li pobyt během období dešťů, je třeba myslet i na ochranu proti malárii a horečce denge.
Na Komorách patří mezi nejvýznamnější rizika právě různé choroby. Mezi obyvatelstvem není očkovanost příliš běžná, takže je možné se zde s chorobami setkat. Zejména během období dešťů a obecně ve venkovských oblastech je třeba dát pozor na choroby přenosné komáry a infekční onemocnění. Zdravotní rizika hrozí také při pěší turistice, zejména v odlehlejších oblastech. V případě potřeby není zdravotní péče na Komorách na příliš dobré úrovni. Problémem je jak jazyková bariéra, tak často nevyhovující podmínky v zařízeních. Je proto lepší správně zvládnout prevenci.
Na Komorách není pitná voda ve vodovodu standardem, a proto je lepší pít pouze vodu balenou. Zejména v odlehlejších oblastech je toto opatření nutnost.