Makedonie je zemí, do které můžete přijet bez nutnosti jakéhokoliv povinného očkování. Nic takové není po turistech vyžadováno. Pokud absolvujete doporučená očkování, bude to dobré pro vás samotné. K takové vakcinaci se řadí tetanus, spalničky a záškrt. Nic dalšího není nutné.
Ta jsou spíše obecnějšího charakteru. Potkat se můžete například s kapénkovými infekcemi, a to především při využívání hromadných dopravních prostředků. Očkovat se proto lze proti chřipce nebo pneumokokovým nákazám.
Naopak v odlehlejších oblastech Makedonie si dejte pozor na volně pobíhající zvířata a toulavé psy. Ty mohou být nakaženi vzteklinou. I proti ní se však můžete před odjezdem očkovat.
V turistických lokalitách se nemusíte obávat kohoutkové vody, která je pitná. Využívat samozřejmě můžete i té balené, popřípadě si vodu natočíte z pitných pramenů nacházejících se na spoustě míst.