Počasí v Makedonii je velice často ovlivňováno prolínám kontinentálního a středozemního podnebí. Z toho plyne jednouchá charakteristika v daném ročním období. Léto bude slunné a suché, naopak zima vlhká a studená. Maximální teploty se v letním období šplhají k hranici 40 °C, což nemusí vyhovovat každému cestovateli. I proto je za ideální dobu pro návštěvu Makedonie označován měsíc duben, květen nebo září a říjen. Pokud byste se do země chystali v zimním období, počítejte s nepříjemnými mrazy, které se v průměru pohybují na hranici -10 °C a níže.