Pokud do Salvadoru budete cestovat ze země s výskytem žluté zimnice, může se stát, že po vás bude vyžadováno potvrzení o tomto očkování. Na to se před cestou raději informujte. Jinak žádná povinná očkování řešit nemusíte. Zaměřte se spíše na ta doporučená. Mezi ně patří žloutenka typu A, žloutenka typu B, břišní tyfus a tetanus.
V období dešťů se určitým rizikem může stát malárie, i když není tak rozšířená. Proto se dostatečně chraňte před obtěžujícími komáry, ať už za pomoci repelentů nebo moskytiér v noci. Dalším potenciálním nebezpečím jsou volně se potulující zvířata. K nim se raději moc nepřibližujte, protože některá z nich mohou být nakažena vzteklinou. I proti ní se cestovatelé očkují podle toho, kde se budou v zemi pohybovat.
Kohoutková voda v Salvadoru rozhodně není pitná. Vždy tedy používejte vodu balenou. Provádí to mimochodem i místní lidé, takže je malá pravděpodobnost, že by vám někdo nalil vodu z vodovodního řádu.