Úřady sice nepředepisují do Mongolska žádná povinná očkování, to ovšem neznamená, že vaše cesta bez protilátek je zcela bezpečná. Rozhodně proto doporučujeme očkování proti žloutence A a B, břišnímu tyfu a vzteklině. Vyplatí se zvážit i očkování proti tuberkulóze, která je v Mongolsku velkým zdravotním problémem a ročně je diagnostikováno řada nových případů. Vhodné je i očkování proti často se vyskytujícím spalničkám, například v kombinaci se zarděnkami a také očkování proti klíšťové encefalitidě. Nechte se naočkovat ve specializovaných centrech cestovní medicíny a očkovacích centrech v dostatečném předstihu před cestou.
Mimo metropoli Ulánbátar a další města mohou být hygienické podmínky špatné. Vyplatí se proto mít s sebou dezinfekční gel na mytí rukou a použít všude tam, kde není možné ruce umýt pod tekoucí vodou. I když mráz zabraňuje šíření epidemií nemocí, v létě se naopak choroby šíří velmi rychle.
Vzhledem k nepříliš příznivým hygienickým podmínkám mimo města pijte raději jenom převařenou vodu nebo si udělejte na cestu dostatečné zásoby balené vody.