Při cestě do Nepálu se doporučují klasická cestovní očkování proti žloutence typu A i B a břišnímu tyfu. V určitých oblastech a obdobích zvažte také očkování proti meningokokové meningitidě, japonské encefalitidě nebo vzteklině. Zkontrolujte si také, zda vám nevypršelo očkování proti tetanu. Malárie se v Káthmándú ani v horách nevyskytuje. Raději si ale vždy zkontrolujte, zda v dané oblasti není hlášen výskyt.
Největším zdravotním rizikem je střevní a žaludeční chřipka. Nepijte vodu z vodovodu a dávejte si pozor i na led či mytí ovoce. Výrazná zdravotní rizika hrozí při trekování. Kromě úrazů vás může postihnout tzv. akutní horská nemoc, která může nastat ze špatného přizpůsobení organismu vysokým nadmořským výškám. Nepřeceňujte tedy své síly, držte se raději ve skupinách a nescházejte z vytyčených cest.
Voda z vodovodu v Nepálu patří mezi ty nejvíce znečištěné. Rozhodně ji nepijte a dávejte si pozor také na mytí jídla nebo věcí. Ve městech si můžete kupovat vodu balenou. V horách si můžete také koupit balenou vodu, ale za výrazně vyšší cenu. Raději si sebou na trek vezměte purifikační tablety.