Do Panamy se nevyžadují žádná zvláštní očkování, tím ale není řečeno, že dobré vyrazit na cesty bez jakékoli ochrany. Doporučuje se před cestou očkování na žlutou zimnici, která se v Panamě endemicky může vyskytnout. Dále je vhodné i očkování proti žloutence typu A a B, břišnímu tyfu a tetanu. Tato čtveřice očkování by měla patřit mezi základní výbavu cestovatelů, kteří se budou vydávat mimo obvyklá turistická centra. Není od věci zkontrolovat platnost dalších pravidelných očkování jako záškrt nebo spalničky. Zvažte i očkování proti pneumokokovým a meningokokovým onemocněním. Při pobytu v odlehlejších oblastech, na venkově a při dlouhodobějších pobytech je dobré mít i očkování proti vzteklině. Endemicky se v Panamě vyskytuje malárie, zda se nechat očkovat závisí na místě pobytu (především Darién a Guna Yala), jeho délce, ročním období – je dobré se o tom poradit s odborníky na cestovní medicínu.
Žádná velká zdravotní rizika se tu nevyskytují, ovšem je třeba počítat s tím, že Panama je zemí s nižším hygienickým standardem, především na venkově a v odlehlejších oblastech (prales). To se může projevit hlavně nepříjemnými zažívacími potížemi. V tom případě může být vhodnou ochranou vakcína proti choleře, která působí efektivně i u cestovatelských průjmů.
V pralesních oblastech se vyskytují tropické nemoci přenášené komáry jako malárie nebo horečka dengue. Proto je nejlepší vyhnout se místům, kde se vyskytuje stojatá voda. Pobyt v pralesních oblastech zvyšuje riziko nakažení cholerou, žloutenkou, žlutou zimnicí, dengue a střevními parazity. Výše uvedená očkování jsou tedy důležitá.
Vždy byste měli cestovat s mezinárodním zdravotním pojištěním, u kterého si ověříte, že platné i na území Panamy. Samozřejmě můžete vyhledat pomoc v místních zdravotnických zařízeních, ale pokud nemáte akceptovatelné mezinárodní zdravotní pojištění, je nutné vše platit hotově v plné výši. Mnohde se vyžaduje platba předem.
Zároveň se z hygienických důvodů vyplatí loupat veškerou zeleninu a ovoce. Pokud narazíte na druhy, které se neloupou, dezinfikovat je antibakteriálním roztokem.
Doporučuje se pít pouze balenou vodu. Vodu z vodovodu rozhodně nepřevařenou nepoužívat.